昆明医科大学校徽如右图所示：

释义：昆明医科大学新校徽设计图由以下图案元素共同组成：圆形图案、藏青蓝的主色调、蛇杖和DNA双螺旋结构的变形体、标有“昆明医科大学”校名的绶带、环绕蛇杖的孔雀羽翎、校名绶带下的台阶、环绕图案的英文校名、建校年代。

圆形图案。象征完整、圆满，展现学校包容、博大、团结的精神。

蛇杖（蛇徽）和DNA双螺旋变形结构。蛇杖（蛇徽）是医学的标志和徽记，人们也称之为“蛇徽”，其由来已久，且有特定的意义。希腊伟大诗人荷马，在史诗中赞颂的民间医生阿斯叩雷波手持一根盘绕着灵蛇的神杖，云游四方，治病救人，特别受人拥戴。后世出于对神医和灵蛇的崇敬，也为了纪念阿斯叩雷波，便以“蛇绕拐杖”作为医学标记，象征医学的权威。在校徽中突出蛇杖元素，用以展现学校医学教育的内涵和本质。结合DNA双螺旋变形结构，更加彰显医学教育的特征。同时，蛇杖（蛇徽）和DNA双螺旋变形结构的结合，图案新颖，与其它医科院校的校徽比起来，使得我校的校徽极富个性。

学校中英文名、建校年代。“1933”使学校创建年代一目了然，标明学校的悠久历史。中英文校名、中文校名字体，是对原校徽设计元素的传承。建校年代是新增加的设计元素。校名中文字体和创建年代是在校徽中对学校历史文化元素的一种体现。

色彩。在色彩搭配上采用的是藏青蓝为主色调，宁静平和，象征对生命的珍爱，彰显医学目的，视觉效果上也显得美观。

孔雀羽翎。是对旧校徽中孔雀图案这一设计元素的传承，彰显学校的地域特色。校名绶带下的台阶寓意学校不断发展和攀登。

校名绶带下的三级台阶。三级台阶分别寓意学校1933年创建奠基云南高等医学教育、1956年独立建院发展壮大和新时期建设呈贡新校区、努力建设教学研究型医科大学、推进学校大发展，浓缩学校厚重历史、辉煌历程和发展目标。