曲靖医学高等专科学校校徽如右图所示：

学校标识为同心三圆徽志，中心为字母“Y”和“Z”造型图。经过形变后的字母组成帆船图案，又形似一个展翅飞翔的白衣天使，右上方圆点图案寓意“一水滴三江”的曲靖市，表明学校地理位置。外环上半部用行楷字体写就“曲靖医学高等专科学校”，下半部为学校英文名“QUJINGMEDICALCOLLEGE”。

学校校徽为行楷字体书写校名的椭圆形徽章，中央为学校标识图案，教职工佩戴白底红字校徽，学生佩戴白底蓝字校徽。

学校校旗为白底蓝字或红底黄字长方形旗帜，长宽比为3:2。旗帜正中上方为学校标识，下方为中文校名或英文校名。