校徽的外轮廓是由“昌吉”二字的拼音字母“C”“J”构成，徽体中间部分是由“职业”二字的拼音“Z”“Y”的变体组成，线条优美流畅，似绿苗，如火炬，象征着学院师生积极向上的精神风貌。下面的七颗星表示学院最初由七所学校合并而成。校徽主题以绿色为主，象征着青春、生命和希望，寓意昌吉职业技术学院、昌吉职业教育生机盎然，繁荣昌盛。