海南医学院校徽由中英文校名和学校标志“医学宝鼎”构成。

校徽释义：

医学宝鼎”主体图案由药碾子、碾磙子、碾轴、鼎、记载体甲骨文、书简和数码光碟组成，象征着海南医学院在其教育学术和研发创新领域中的专业性与权威性，体现出海南医学院遵循医学誓言，崇尚“医”言九鼎（一言九鼎）。

“药碾子”是最具中华传统医学特色的工具，以传统医学表现对文化的传承，以不锈钢做的碾磙子，这一现代特性的材料演示对太阳、数码光碟和细胞的释义，碾轴演化为珍珠和细胞核，寓示海南医学院是南海医学明珠，象征生命之光、医学科技之光和人类文明之光。

“鼎”由书籍构成，鼎是记载人类文明的器物，是现代医学文明的一种具有海纳百川、有容乃大的博大胸襟，更是医学知识的圣殿。鼎上部舒展的线条与碾磙子共同构成的画面，如南海医学海洋上一轮冉冉升起的太阳，寓示海南医学院蓬勃发展和永远向上的精神风貌。