桂林医学院校徽确定于1995年。于2018年完成优化组成。

校徽整体呈圆形，具有圆满之意，寓意全校师生医护员工团结一心、和谐向上。校徽主色调选取绿色。绿色是大自然的基色，是生命的象征，绽放着蓬勃，涌现着生机；绿色是生命与人文的寄托，是青春和活力的代表，预示着人与自然的和谐关系，寓意和谐美丽的生态校园，展现师生积极向上的奋斗精神、展示学校可持续发展的昂扬态势，传递着希望，预示着美好的未来。

校徽上方为原广西壮族自治区党委副书记黄云同志手写校名，下方是英文校名（GUILIN MEDICAL UNIVERSITY），“1935”是建校时间。校徽中心图案为“蛇杖”和“桂林山水”。“蛇杖”是国际通用医学标志，表明我校性质和关爱健康、服务社会的宗旨。“桂林山水”，点明桂林医学院的地域性，增加辨识度，其中，“山”下的图形由“水”渐变为“书”，融合突显我校“医学与人文融通，认知与应用合一，德行与术业并重，求实与致远共举”的办学理念，亦寓意书山有路勤为径，莘莘学子在大学殿堂和人生道路上勇攀高峰。另外，“书”又取形于展翅翱翔的雄鹰，展示一种昂扬向上的力量，“蛇杖”从山水间腾飞而起，象征着我校根植广西、面向全国、放眼世界的办学定位，托起医学未来的美好愿景。