校徽由学院艺术设计与创意产业系师生团队设计。

校徽主图形采用行政楼和图书馆的建筑组合，用简洁精炼的形式体现了南方学院的中轴线意象，同时也是学院最具标志性和最容易获得认同感的视觉形象符号。

图文组合形式采用原中山大学图文形式组合，体现出南方学院与中山大学的一脉相承。其中，中文字体使用孙中山先生集字，英文字体使用Swiss721字体；标志主色调使用赤沙红，沉稳而热烈，体现出全院师生探索求真、踏实进取的精神。

从2006到2016，中山大学南方学院的十年发展是开山辟林，探索创新的十年。

选用蝴蝶作为10周年校庆庆徽的主体形象，以“南方十年，活力向前”为口号，寓意南方学院十年蛹动、破茧成蝶，也以蝴蝶起舞的美好形象，对学院下一个十年的发展寄予美好的期待。