武夷学院校徽是由篆体“武、夷”二字变形组合而成，以示武夷学院所在地武夷山的悠久历史；整体外形酷似“钟鼎”，用以表示武夷学院作为高等文化教育场所的属性；造型中融入中国传统雕花窗扇的风格，喻示武夷学院是传承和发扬武夷传统文化的窗口；标志采用红色与绿色的搭配，来表达武夷山“碧水丹山”的意境，又使标志看起来更加具有传统文化底蕴并与武夷山当地民间审美相融合。

武夷学院校旗以“红色土地，绿色希望”为设计理念。具体是：校旗为绿底及红底拼接，中上部为红底，中间为校徽。

红色代表学校地处闽北苏区，有红色历史土壤的孕育。

下半部为绿底，中间为黄色的中英文武夷学院字样。

绿色代表着学校地处闽北绿色腹地，有着丰富的自然绿色植物和良好的生态环境，又与办现代绿色大学的宗旨相呼应 。