为充分展现海军军医大学新形象，着力打造特色鲜明的校园文化新标识，学校自2019年5月以来面向全体教职员工启动了海军军医大学校徽设计征集工作。通过广泛征集、多轮遴选、反复修改和网上公示等形式，确定了海军军医大学校徽设计方案，经审议通过，现予以公布，并从即日起正式启用。
在继承原第二军医大学校徽的圆形外观的基础上，突出“军、海、医”特色，具有辨识度高、色彩鲜明的特点。主体背景使用深蓝色，突出海军特色。配以麦穗黄（橄榄枝）和正红（五星），整体颜色端庄柔和，易于辨识。
形似打开的书本，体现学校教书育人的本质；亦形似飞翔的海燕，张开双翼，展翅翱翔，寓意学校步入逐梦强国强军的伟大新时代。
形似植物嫩芽，象征着海医大莘莘学子根植于海军这片沃土之中，焕发出勃勃生机；寓意着学校作为人民海军一员，肩负着维护海洋和平安宁和良好秩序的重要责任。
八一红星代表“军”，海锚代表“海”，蛇杖代表“医”，蛇杖围绕着八一红星，既寓意着听党指挥，又寓意着姓军为战。同时，蛇杖立于海锚正上方，寓意学校是海军卫勤战线的坚强力量。
校徽外圈为校名中文和英文全称，中文字样沿用陈毅题写字体。
校徽是学校的标志和象征，体现着学校的办学理念和大学精神，代表着学校形象。在日常工作和对外宣传时应严格按照规范使用校徽，不得更改校徽图形、比例、字体等，以维护校徽的严肃性。未经学校授权，任何单位和个人不得将校徽及其延展标志用于商业目的。
新校徽代表新形象
新校徽激发新作为
锚定目标、坚定前行
为建设海军特色鲜明的
世界一流军医大学不懈奋斗
